تتخذ المؤسسة آلية تقسيم هيكليتها إلى إدارات ومكاتب لتنظيم العمل حسب المسؤوليات والصلاحيات، وتتكون من الإدارات التالية:
إدارة الشؤون الإدارية.
إدارة الشؤون الإجتماعية.
إدارة شؤون الإغاثة.
إدارة الشؤون العلمية.
إدارة الرعاية الشاملة.
إدارة التعاون الدولي.
إدارة التخطيط والمتابعة.
إدارة الشؤوون المالية.
كما تنقسم المكاتب إلى:
مكتب الصحة.
مكتب الهجرة.
مكتب حقوق الإنسان والحريّات.
مكتب العلاقات العامة.
مكتب اللجنة الإستشارية.
مكتب مدير رئيس مجلس الإدارة.
شاهد نشاطات مؤسسة الشيخ الطاهر الزاوي
